1. Да это просто баг в bootloader, забей.
2. Да, именно так и должно быть. В принципе разделов на диске может быть до 4 штук, но один из них должен быть по любому Primary. И кстати размер кластера рекомендую сделать максимально большим (32кб/64кб), так будет меньше обращений к файловой системе при загрузке игр. А 2кб очень мало, считай для каждого сектора в образе диска, будет обращение к файловой системе для поиска кластера и инициации передачи данных. А игры любят в основном сектора пачками грузить, штук по 8-32 в основном, а бывает и много больше, при этом редко когда грузят по одному.
3. Да запускай уже
4. Да, последняя версия bootloader грузит автоматически ядро DS если находит его на доступных девайсах. Но ты всегда можешь зайти в меню, нажав во время старта bootloader кнопку Start на джойстике.
5. Да, конечно давай.